Marnate è uno dei paesi della Valle Olona; si estende su un territorio pianeggiante che sovrasta la valle del fiume, posta ad ovest, sale leggermente in collina verso est, dove si trova la frazione di Nizzolina, con l'area industriale e la parte boschiva. Sull'origine del toponimo esistono diverse interpretazioni: c'è chi lo lega ad un personaggio di nome "Marino", uno dei primi abitatori del territorio, da lui detto Marinate e quindi Marnate. Altri invece lo riferiscono a "marna", calcare di origine argillosa usato per correggere i terreni, al fine di renderli più produttivi. Vi è poi chi lo collega a "Marna" come luogo di deposito delle vettovaglie destinate alle legioni romane dislocate nella Gallia Cisalpina.
I primi abitanti della zona di Marnate furono tribù liguri: ancora oggi si nota infatti una certa affinità fra alcuni vocaboli dialettali e la parlata ligure. La configurazione del terreno della valle, con superfici lacustri navigabili, boschi e brughiere, si adattava magnificamente alle loro esigenze di pesca e caccia. Sopravvenute nuove migrazioni da nord e da ovest e diffusasi l'agricoltura, il fiume divenne la via più facile per gli scambi con le tribù vicine.
Al tempo dei romani a Marnate sorgeva un porto fluviale militare e l'Olona costituiva un importante tramite di comunicazione con le Gallie. Nel 1972, nella zona ai piedi della collina di Nizzolina alta, si rinvennero interessanti reperti archeologici, che stavano ad indicare la presenza di un piccolo cimitero risalente al 300 a.C.
Il primo documento nel quale compare il nome di Marnate è una lapide del 1074, ora conservata nel Museo Archeologico di Milano. Nel 1176 l'imperatore Federico Barbarossa, rimasto ferito dopo la battaglia sul Ticino e passato in Valle Olona, si fermò a Marnate a ricevere i primi soccorsi. Nel 1630 anche questo paese fu colpito dalla peste e per l'occasione venne costruito il lazzaretto, proprio in valle.
La frazione di Nizzolina dista dal centro di Marnate 2 Km. Il toponimo, in dialetto "Nisciuina", deriva dal nome dell'albero della nocciola, "niscioa". Nel '600 era un piccolo feudo costituito da 11 famiglie, di proprietà di Giovanni Battista Cottica, a cui subentrò in seguito Giovanni Daverio. Sotto Napoleone anche questo feudo cessò di esistere.
La chiesa parrocchiale, dedicata a S. Ilario, sorse inizialmente come cappella del cimitero. Nel '500 venne allungata ed allargata: pur restando all'interno del cimitero, serviva tutta la comunità. San Carlo nella sua visita pastorale stabilì che si effettuassero degli interventi, per darle maggiore solidità. Ulteriori lavori furono intrapresi nel 1902 e terminati nel 1914: secondo le necessità, venne di nuovo allungata su disegno dell'architetto locale Camillo Crespi, che l'arricchì anche di una leggiadra facciata e di uno svettante campanile al centro della facciata stessa, particolare piuttosto raro nella costruzione delle chiese. Degni di menzione sono un affresco raffigurante il protettore S. Ilario, l'altare del 1700 e l'organo dei Carrera del 1770.
La chiesa della Madonna, o S. Maria in Piazza, originariamente faceva parte delle opere di difesa del porto fluviale e della strada per le Gallie; dopo venne trasformata in luogo di culto dedicato a S. Pietro ed alla Madonna. A Nizzolina, nel lazzaretto, venne ricavata la chiesetta di S. Maria Nascente, detta più comunemente Maria Bambina, la cui facciata è stata realizzata anch'essa dall'architetto Crespi. Nel 1983 venne aperto al culto un nuovo tempio al centro dell'abitato, opera dell'architetto Glauco Marchegiani, che ha creato pure le strutture parrocchiali. Nel luglio 1986 fu istituita la Parrocchia di S. Maria Nascente con territorio smembrato dalla Parrocchia di Sant'Ilario. In passato l'economia del paese è stata eminentemente agricola; ancora oggi, nonostante lo sviluppo industriale, sussiste un minimo di agricoltura. Le grosse industrie o le aziende di tipo artigianale operano soprattutto nei settori tessile, meccanico, della plastica e del legno.
Negli anni '80 sono state realizzate diverse strutture pubbliche: le nuove Scuole Elementari e Medie ed è stato ristrutturato ed ampliato il Palazzo Municipale.